首先是恒溫保存：培養基冷卻后，可在10°C左右的冰箱中保存三至五周；量產時，可在空調接種室放置兩周左右，溫度控制在20℃以內；貯存時間為兩至五天，溫度不超過28℃。然而在放置培養基的過程中溫度不能太高。同時應避免溫度的較大變化。隨著儲藏室溫度的升高或降低，裝有培養基的容器中的空氣會膨脹或收縮，將*帶入培養基中，導致在儲存過程中對培養基造成大量污染。

其次是防塵處理：假如培養基存放在衛生條件差的地方，附著在灰塵上的*和*會落在培養瓶表面。如果使用前表面不消毒，接種時很容易跟隨氣流進入容器，使培養基受到污染，影響組織培養工作的順利進行，所以培養基必須放置在干凈衛生的接種室內操作。

然后是遮陽避光：全部培養基應避光，儲藏在光線較暗的環境中，主要是某些培養基中的中性補充劑在光照情況下發生細微變化，在接種室掛上厚窗簾或用黑色厚布蓋住培養基盒，所以培養基保存應遮陽避光。如需長期存放，應放入密閉容器內，避免培養基中水分流失過多影響效果。

*后是定期更新：培養基不適合長時間保存，特別是固體培養基。伴隨放置時間的增長，培養基中的水分演變為氣態，逐漸降低培養基的含水量，從而改變培養基的濃度和理化性質，并對隨后的外植體培養或植物轉接繼代和生根培養基都是不好的；如果培養基存放時間過長，空氣中的*和*也可能落在培養基表面造成污染。保存含有吲哚乙酸、椰奶等物質的培養基時，會影響環境中的光照。吲哚乙酸的光解也會改變椰奶中所含的一些成分。所以要結合生產任務，做好棗莊中海培養基配制和使用計劃。通常情況下，培養基保存放置時間不應超過七天。